Sekolah Tinggi Ilmu Ushuluddin Wadi Mubarak Bogor atau disingkat STIU WM digagas sebagai upaya pengembangan program tahfizh Al-Qur'an Mahad Wadi Mubarak untuk memenuhi semakin tingginya kebutuhan masyarakat terhadap kader yang tidak saja hafal Al-Qur'an, tetapi juga mendalami bidang keilmuan Al-Qur'an dan secara formal diakui oleh lembaga-lembaga pendidikan lain. Masa Pendidikan program STIU WM terdiri dari 4 tahun belajar ditambah 1 tahun pengabdian.

Sekolah Tinggi Ilmu Ushuluddin Wadi Mubarak (STIU WM) dibuka sejak tahun 2017 berdasarkan surat keputusan dari Kementrian Agama bernomor 3692 tahun 2017 Perihal Izin Pendirian Sekolah Tinggu Ilmu Ushuluddin (STIU) Wadi Mubarak, Program Studi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir, tanggal surat 10 Juli 2017

Melalui program sebelumnya, yaitu program Lembaga Kaderisasi Imam dan Dai (eLKID), para santri baru bisa melanjutkan belajar di perguruan tinggi setelah 3 tahun mereka mengikuti program eLKID. Artinya, mereka 3 tahun lebih terlambat masuk perkuliahan dibandingkan teman seangkatannya. Hal ini jugalah yang mendorong yayasan Islamic Center Wadi Mubarak untuk mengembangkan program tahfizh yang semula nonformal, menjadi formal strata 1. Program studi yang dipilih adalah Program Studi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir.

Dengan mengikuti program ini, santri selain hafal Al-Qur'an 30 juz, juga mendalami ilmu-ilmu Al-Qur'an dan tafsir serta sekaligus mengantongi gelar dan ijazah di masa akhir pendidikannya. Dengan begini diharapkan semakin besar lagi kesempatan dakwah Al-Qur'an yang bisa diambil dan disiapkan untuk masyarakat.

Pengurusan izin formal STIU WM dimulai sejak tahun 2016 dan pada tahun 2017 akhirnya turun surat keputusan dari Kementarian Agama terkait Izin Operasional perguruan tinggi dengan nomor 3692 tahun 2017 Perihal Izin Pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Ushuluddin Wadi Mubarak Bogor Jawa Barat dengan Nama Prodi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir, tanggal surat 11 Juli 2017. Mahasiswa STIU Wadi Mubarak Bogor dari angkatan pertama sampai ke empat saat ini berjumlah 299 orang.