Kualilfikasi lulusan yang akan dihasilkan STIU Wadi Mubarak adalah:

01Menghasilkan sarjana yang hafal Al-Qur’an, memiliki keahlian dalam bidang ilmu- ilmu Al-Qur'an dan Tafsir.

02Menghasilkan sarjana yang ahli dalam bidang penelitian keagamaan.

03Menghasilkan sarjana yang mampu mencari alternatif pemecahan masalah sosial dan keagamaan.

04Menghasilkan sarjana yang mampu bekerja sama dengan lembaga-lembaga yang bergerak di bidang sosial dan keagamaan.